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La infección por el virus del Zika (ZIKV) durante el embarazo se ha relacionado con defectos congénitos graves, y la situación epidemiológica de la epidemia de ZIKV en Ecuador es poco conocida. Guayaquil, Ecuador, tiene un clima tropical y experimenta frecuentes brotes de dengue y virus chikungunya, y en diciembre de 2015 se identificó ZIKV. Dados los efectos bien documentados de ZIKV en el embarazo, incluida la microcefalia, analizamos la presencia de ZIKV tanto en plasma como en citología cervical de mujeres embarazadas. Reportamos la identificación de una población de mujeres embarazadas con alta incidencia de infección por ZIKV detectada en plasma y tracto reproductivo inferior. Se realizó un estudio de casos y controles para determinar la incidencia de infección por ZIKV entre mujeres embarazadas de bajos ingresos con riesgo de parto prematuro en comparación con controles emparejados. Las muestras de plasma y citología cervical se analizaron para ZIKV mediante rRT-PCR. Cincuenta y nueve mujeres embarazadas se inscribieron. La incidencia de ZIKV fue del 54% (32/59) global: 18/31 (58,1%) en casos y 14/28 (50,0%) en controles. La detección de ZIKV en plasma y muestras de citología cervical demostró una buena concordancia. En general, los resultados para los recién nacidos de madres ZIKV-positivas y ZIKV-negativas fueron similares. Sin embargo, dos recién nacidos nacieron con microcefalia de madres de casos que dieron positivo para ZIKV. Reportamos una alta incidencia de infección por ZIKV (54%) en una población distintiva en Guayaquil, Ecuador. Identificamos ZIKV en muestras de cuello uterino que se correlaciona con ZIKV en el plasma. Estos datos plantean preocupaciones con respecto a la amplitud de la epidemia de ZIKV en Ecuador y demuestran la utilidad de las muestras de citología cervical para las pruebas de ZIKV. Cincuenta y nueve mujeres embarazadas se inscribieron. La incidencia de ZIKV fue del 54% (32/59) global: 18/31 (58,1%) en casos y 14/28 (50,0%) en controles. La detección de ZIKV en plasma y muestras de citología cervical demostró una buena concordancia. En general, los resultados para los recién nacidos de madres ZIKV-positivas y ZIKV-negativas fueron similares. Sin embargo, dos recién nacidos nacieron con microcefalia de madres de casos que dieron positivo para ZIKV. Reportamos una alta incidencia de infección por ZIKV (54%) en una población distintiva en Guayaquil, Ecuador. Identificamos ZIKV en muestras de cuello uterino que se correlaciona con ZIKV en el plasma. Estos datos plantean preocupaciones con respecto a la amplitud de la epidemia de ZIKV en Ecuador y demuestran la utilidad de las muestras de citología cervical para las pruebas de ZIKV. Cincuenta y nueve mujeres embarazadas se inscribieron. La incidencia de ZIKV fue del 54% (32/59) global: 18/31 (58,1%) en casos y 14/28 (50,0%) en controles. La detección de ZIKV en plasma y muestras de citología cervical demostró una buena concordancia. En general, los resultados para los recién nacidos de madres ZIKV-positivas y ZIKV-negativas fueron similares. Sin embargo, dos recién nacidos nacieron con microcefalia de madres de casos que dieron positivo para ZIKV. Reportamos una alta incidencia de infección por ZIKV (54%) en una población distintiva en Guayaquil, Ecuador. Identificamos ZIKV en muestras de cuello uterino que se correlaciona con ZIKV en el plasma. Estos datos plantean preocupaciones con respecto a la amplitud de la epidemia de ZIKV en Ecuador y demuestran la utilidad de las muestras de citología cervical para las pruebas de ZIKV. La detección de ZIKV en plasma y muestras de citología cervical demostró una buena concordancia. En general, los resultados para los recién nacidos de madres ZIKV-positivas y ZIKV-negativas fueron similares. Sin embargo, dos recién nacidos nacieron con microcefalia de madres de casos que dieron positivo para ZIKV. Reportamos una alta incidencia de infección por ZIKV (54%) en una población distintiva en Guayaquil, Ecuador. Identificamos ZIKV en muestras de cuello uterino que se correlaciona con ZIKV en el plasma. Estos datos plantean preocupaciones con respecto a la amplitud de la epidemia de ZIKV en Ecuador y demuestran la utilidad de las muestras de citología cervical para las pruebas de ZIKV. La detección de ZIKV en plasma y muestras de citología cervical demostró una buena concordancia. En general, los resultados para los recién nacidos de madres ZIKV-positivas y ZIKV-negativas fueron similares. Sin embargo, dos recién nacidos nacieron con microcefalia de madres de casos que dieron positivo para ZIKV. Reportamos una alta incidencia de infección por ZIKV (54%) en una población distintiva en Guayaquil, Ecuador. Identificamos ZIKV en muestras de cuello uterino que se correlaciona con ZIKV en el plasma. Estos datos plantean preocupaciones con respecto a la amplitud de la epidemia de ZIKV en Ecuador y demuestran la utilidad de las muestras de citología cervical para las pruebas de ZIKV. dos recién nacidos nacieron con microcefalia de madres de casos que dieron positivo para ZIKV. Reportamos una alta incidencia de infección por ZIKV (54%) en una población distintiva en Guayaquil, Ecuador. Identificamos ZIKV en muestras de cuello uterino que se correlaciona con ZIKV en el plasma. Estos datos plantean preocupaciones con respecto a la amplitud de la epidemia de ZIKV en Ecuador y demuestran la utilidad de las muestras de citología cervical para las pruebas de ZIKV. dos recién nacidos nacieron con microcefalia de madres de casos que dieron positivo para ZIKV. Reportamos una alta incidencia de infección por ZIKV (54%) en una población distintiva en Guayaquil, Ecuador. Identificamos ZIKV en muestras de cuello uterino que se correlaciona con ZIKV en el plasma. Estos datos plantean preocupaciones con respecto a la amplitud de la epidemia de ZIKV en Ecuador y demuestran la utilidad de las muestras de citología cervical para las pruebas de ZIKV.